一是建章立制。2016年以来，中心在大学党委关于加强基地建设的指导下，参照教育部人文社科基地，从健全和完善内部管理机制入手，先后制定和完善了适合本中心的具体规章制度和岗位职责，包括《中心学术委员会工作条例》《中心工作章程（试行）》《中心主任、副主任岗位职责》《中心科研项目管理办法》《中心资产管理办法》等，使中心的各项工作、各个岗位有章可循，职责分明，井井有条。

二是完善科研团队管理机制。组建“教师-员工研究团队”。依托历史学和民族学两个一级学科硕士点组建了2个研究团队，主要由承担国家课题的教师组建课题组，并吸纳硕士研究生进行课题研究。研究团队每周一次交流研讨，每月一次工作汇报。

三是建立小型图书资料柜。分明清史、近现代边疆史、历史地理、历史文献四类收集整理的资料，方便研究团队查阅。

四是着手进行相关数据库建设。目前有2人获教育部文科基地资助，正在进行“清朝治理新疆数据库”和“元朝治理新疆数据库”建设，建成后资源共享。

五是设专职秘书，对研究中心的档案资料进行专门管理。